Totto Chan adalah anak kecil periang yang selalu memiliki rasa ingin tahu besar. Di sekolah dia berdiri di jendela dan memanggil pemusik jalanan. Membuat keributan di sekolah. Gurunya menanggapi bahwa perbuatannya diluar batas. Ia tak bisa duduk diam dan mengikuti pelajaran. Hingga akhirnya ia dikeluarkan di sekolah. Ia tetaplah gadis kecil yang selalu penuh rasa ingin tahu hingga ia bersekolah di Tomeo Gakuen. Di sekolah ini ia menemukan gerbong- gerbong kereta yang dijadikan kelas, memiliki mata pelajaran jalan-jalan dan memasak bersama, berenang telanjang, teman-teman yang menyenangkan, mata pelajaran yang boleh dipilih sesukanya, serta seorang kepala sekolah yang begitu senang mendengar ceritanya selama empat jam di hari pertamanya, Sosaku Kobayashi. Di Tomeo inilah Totto Chan tumbuh menjadi anak melakukan segala hal sesukanya, belajar tentang persahabatan, kepeduiian, etika, serta tanggung jawab. Sekolah Tomeo adalah sekolah dasar yang menggunakan system pendidikan diluar kurik